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載脂蛋白E是一種富含精氨酸的堿性蛋白，人ApoE是由299個氨基酸殘基組成，分子量為34145D，含32個Arg和12個Lys存在于血漿的CM、VLDL及其殘粒和β-VLDL中均含有ApoE，一部分ApoE在血液中與ApoAⅡ形成復合體。

Shore于1973年首先發(fā)現ApoE，Rall等于1982年測出ApoE的蛋白質一級結構，其后Taylor建立ApoE的cDNA序列，Breslow 和Zannis首先測出ApoE有3個等位基因異構體以及基因在染色體上的定位。據推算和測定，在介質中ApoE有62%的α-螺旋，9%的β-片層，11%的β-轉角和18%無規(guī)則線團。ApoE分子可以被凝血酶水解為二個區(qū)域，N-端區(qū)(1～191)為22kD的可溶性球蛋白，此區(qū)域較穩(wěn)定，該片段的136～158位肽段為受體結合位點，富含堿性氨基酸(賴氨酸和精氨酸)，也屬于肝素結合區(qū)。此片段為一個反平行的四螺旋束，是α-螺旋蛋白的一般折疊方式。C端區(qū)(216～299)分子量為10kD，螺旋程度很高，不穩(wěn)定，是與脂蛋白的結合區(qū)。用截去了末端的變異體及合成多肽片段進行ApoE羧基末端的檢測表明，191殘基以外羧基端存在三個螺旋，其中兩個為A型(203～223和225～266)，第三個(268～289)為一種G型螺旋。與脂類或不同的脂質微?；蚨谆字Ｄ憠A結合的結果說明，G螺旋和第二螺旋的末端在脂質連結，在ApoE的四聚體化過程中起重要的作用。更精確地說是263～286片段可能在脂連結ApoE與VLDL的結合中起有關鍵作用。ApoE主要由肝臟合成，近年來發(fā)現腦，腎，骨骼，腎上腺及巨噬細胞也能合成。